จัดเก็บในภาชนะที่ไม่ใช่ ย่อมส่งผลให้กาแฟเสื่อมคุณภาพอย่างแน่นอน ดังนั้นเมื่อซื้อกาแฟคั่วบด หรือมีกาแฟบดเหลือไว้อยู่ ควรหาภาชนะจัดเก็บที่ดี ซึ่งภาชนะที่แนะนำให้เลือกใช้ก็ควรจะเป็นภาชนะที่มีฝาปิดแน่น ก่อนนำกาแฟมาใส่ก็ควรเช็ดล้างให้แห้ง หรือหากเป็นถุงฟอยล์ก็ควรมีซิปล็อกที่แน่นสนิท เพื่อช่วยป้องกันอากาศเข้าภายในถุง
สิ่งสำคัญในการจัดเก็บเมล็ดกาแฟนั้นคือพื้นที่ในการจัดเก็บ เพราะทุกพื้นที่การจัดวางนั้นย่อมมีปัจจัยที่เลี่ยงไม่ได้ และควบคุมไม่ได้ ก็คือ อากาศ ความชื้น แสงแดด โดยปัจจัยทางธรรมชาติทั้ง 3 อย่างนี้นับว่าเป็นปัจจัยกระตุ้นการเสื่อมสภาพของเมล็ดกาแฟ ดังนั้นควรเลือกพื้นที่ในการวางภาชนะจัดเก็บที่ดี เลี่ยงปัจจัยที่อาจทำให้กาแฟเสื่อม เพื่อยืดอายุและคงคุณภาพของกาแฟไว้ได้นาน